Incertezza sulla continuità della verifica e sulla programmazione delle attività a causa dei contratti a tempo del personale, scarso coordinamento fra gli enti preposti alla vigilanza amministrativa e finanziaria (Ministero Ambiente, Stato e Regione), oscillazione dei finanziamenti e carenza di valutazione per valutare l'efficacia dei programmi sulle azioni. Sono le censure che la Sezione del controllo per la Regione Sardegna della Corte dei Conti ha manifestato nell'indagine effettuata sulle risorse finanziarie e le forme di gestione delle Aree Marine protette della Sardegna dal 2009 al 2012: Capo Carbonara, Penisola del Sinis, Tavolara-Punta Coda Cavallo, Capo Caccia-Isola Piana.

Nella sua relazione il magistrato, Valeria Mistretta, ha ricordato che in questi quattro anni "non risulta che l'Amministrazione regionale abbia fatto valutazioni ex post sugli interventi effettuati, al fine di poter verificare i loro effetti sul territorio, affrontare le problematiche e pianificare le eventuali correzioni e i successivi interventi". Complessivamente nel quadriennio alle Aree marine protette sono stati trasferiti oltre 11,5 milioni di euro, la maggior parte nel 2011 (4,2 milioni di euro), meno nel 2012 (2,3 milioni).

L'area marina protetta che ha beneficiato di risorse più cospicue è quella di Tavolara-Punta Coda Cavallo con poco meno di cinque milioni. In questi quattro anni la Regione ha stanziato circa quattro milioni di euro. Mentre la Regione, anche nelle controdeduzioni, ha ribadito che non ha competenze in materia di gestione e controllo sulla aree marine protette, ma che tutela la fauna e dà attuazione alle direttive comunitarie sulla conservazione degli habitat naturali. La Corte ha rilevato che "alla luce di accordi firmati anche dalla Regione, non si può ritenere che l'Amministrazione regionale non abbia competenze sulle aree marine ricadenti nel territorio dell'Isola".
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